Die Pfarrkirche Sankt Stephan wurde 990 von Erzbischof Willigis auf der höchsten Erhebung der Stadt gegründet. Der heutige Bau behielt den Grundriss  als Doppelchoranlage bei. St. Stephan ist damit die älteste gotische Hallenkirche am Mittelrhein und die nach dem Mainzer Dom bedeutendste Kirche der Stadt Mainz.

Von 1462 bis 1499 wurde der Kreuzgang an die Südseite angefügt.

Bei dem großen Luftangriff auf Mainz am 27. Februar 1945 wurde dIe Kirche schwer beschädigt.

In seiner heutigen Form ist St. Stephan eine dreischiffige gotische Hallenkirche mit Chören im Osten und Westen sowie mit einem großen achteckigen Glockenturm über dem Westchor.